La préservation des poissons migrateurs amphihalins est une priorité.
Une approche commune à l’échelle des bassins est définie dans un plan de gestion pour l’ensemble des poissons migrateurs. L’anguille et le saumon font également l’objet d’un plan national.
L’esturgeon européen, au statut singulier, fait l’objet d’une démarche de planification indépendante.
Les orientations de gestion sont nécessairement concertées et adaptées aux exigences écologiques de chacune des 8 espèces recensées dans les cours d’eau du sud-ouest :